
Kolegium tvoří prezident Úřadu, viceprezident Úřadu a členové Úřadu. Postavení a působnost Kolegia upravuje zákon č. 166/1993 Sb. o Nejvyšším kontrolním úřadu, vnitřní pořádek upravuje jednací řád Kolegia.
V čele Úřadu stojí prezident Úřadu, který jej řídí, jedná jeho jménem navenek, předsedá Kolegiu a Kárné komoře Úřadu a koordinuje činnost orgánů Úřadu.

Ing. Miloslav Kala
funkční období
od 22. 3. 2013
Viceprezident Úřadu zastupuje v plném rozsahu prezidenta za jeho nepřítomnosti a v některých dalších konkrétních případech na základě jeho pověření. Za svá rozhodnutí přijatá při zastupování viceprezident odpovídá prezidentovi Úřadu.
Člen Úřadu řídí kontrolní činnost a vypracovává kontrolní závěry. Účastní se činnosti Kolegia a senátů Úřadu a má možnost, stejně jako prezident nebo viceprezident Úřadu, předkládat podněty ke zpracování návrhu plánu kontrolní činnosti a Kárné komoře Úřadu návrh na zahájení kárného řízení.
| Jméno | Začátek funkčního období | Přehled kontrol |
|---|---|---|
| Ing. Jiří Adámek | 25. 4. 2001 | zobrazit |
| Ing. Zdeněk Brandt | 3. 5. 2002 | zobrazit |
| Ing. Pavel Hrnčíř | 11. 12. 2009 | zobrazit |
| JUDr. Eliška Kadaňová | 4. 6. 1998 | zobrazit |
| Ing. JUDr. Jiří Kalivoda | 17. 9. 1993 | zobrazit |
| Ing. Rudolf Kufa | 15. 9. 2009 | zobrazit |
| Ing. Antonín Macháček | 9. 12. 2005 | zobrazit |
| RNDr. Petr Neuvirt | 21. 12. 2010 | zobrazit |
| MVDr. Rudolf Němeček | 17. 9. 1993 | zobrazit |
| Mgr. Zdeňka Profeldová | 18. 4. 2002 | zobrazit |
| Ing. Daniel Reisiegel | 30. 4. 2010 | zobrazit |
| Ing. Karel Sehoř | 15. 9. 2009 | zobrazit |
| Ing. Jaromíra Steidlová | 16. 11. 2006 | zobrazit |
| Ing. Jan Vedral | 25. 4. 2001 | zobrazit |
| Jméno | Funkční období | Funkce | Přehled kontrol |
|---|---|---|---|
| JUDr. František Bárta | 17. 9. 1993 – 7. 4. 2003 | člen Úřadu | zobrazit |
| Ing. Karel Bidlo | 15. 7. 1993 – 8. 4. 1998 | člen Úřadu | zobrazit |
| Ing. Ludmila Brynychová | 9. 12. 2005 – † 8. 8. 2009 | člen Úřadu | zobrazit |
| Ing. František Dohnal | 4. 11. 2005 – 20. 2. 2012 | prezident Úřadu | --- |
| JUDr. Jiří Drábek | 15. 7. 1993 – 3. 2. 2008 | člen Úřadu | zobrazit |
| Ing. Vladimír Dušek | 15. 7. 1993 – 21. 1. 1995 | člen Úřadu | zobrazit |
| JUDr. Jan Holeček | 15. 7. 1993 – 20. 9. 2008 | člen Úřadu | zobrazit |
| Mgr. Marie Hošková | 17. 9. 1993 – 12. 7. 2012 | člen Úřadu | zobrazit |
| Ing. Miloslav Kala | 13. 11. 2008 – 21. 3. 2013 | viceprezident | --- |
| Ing. Jan Kinšt | 10. 7. 2003 – 10. 5. 2004 | člen Úřadu | zobrazit |
| Ing. Jana Krejčová | 15. 7. 1993 – 1. 4. 2005 | člen Úřadu | zobrazit |
| PhDr. Václav Peřich | 8. 7. 1993 – 7. 7. 2002 | viceprezident | --- |
| Ing. Josef Pohl | 15. 7. 1993 – 11. 9. 2006 | člen Úřadu | zobrazit |
| Ing. Zdeněk Rodr | 15. 7. 1993 – 4. 3. 2002 | člen Úřadu | zobrazit |
| Ing. Alexandr Růžek | 15. 7. 1993 – † 19. 12. 2000 | člen Úřadu | zobrazit |
| Ing. Petr Skála | 17. 9. 1993 – 3. 6. 2010 | člen Úřadu | zobrazit |
| Ing. Zdeněk Smělík | 15. 7. 1993 – 10. 12. 2001 | člen Úřadu | zobrazit |
| Ing. Dušan Tešnar | 9. 1. 2003 – 10. 9. 2007 | viceprezident | --- |
| JUDr. Lubomír Voleník | 8. 7. 1993 – 7. 7. 2002 17. 10. 2002 – † 5. 6. 2003 |
prezident Úřadu | --- |
| Ing. Ladislav Zeman | 15. 7. 1993 – 27. 8. 2009 | člen Úřadu | zobrazit |