Ministerstva u Integrovaného operačního programu podpořila projekty, které nesplnily jeho podmínky
Nejvyšší kontrolní úřad prověřil poskytování a čerpání peněz z Integrovaného operačního programu (IOP) v letech 2007 až 2011. Konkrétně se zaměřil na jednu oblast IOP: Národní podporu využití potenciálu kulturního dědictví. Peníze z této oblasti intervence slouží zejména k obnově a využití památek UNESCO a národních kulturních památek.